Las muestras de metabarcoding recogidas durante las primeras campañas de muestreo en Cabrera e Islas Cíes han sido ya procesadas en los laboratorios de Blanes y Tromso.
Primero separamos las muestras en fracciones de talla usando tamices con 10 mm, 1 mm, y 64 micras de luz de malla. Posteriormente las dos fracciones mayores se combinaron, obteniendo una fracción “grande” (>1 mm) y una fracción “pequeña” (<1 mm). Estas fracciones se homogeneizaban con una batidora. En total teníamos 80 muestras para procesar. El ADN de esas muestras se extrajo en el laboratorio con un kit comercial (Norgen Soil Maxi Kit).
El ADN extraído se envió a la Universidad Noruega del Ártico en Tromso, donde el proceso continuó en el laboratorio de Owen, miembro del equipo investigador. Del ADN de las muestras se amplificaron los dos genes mitocondriales elegidos, un fragmento del gen Citocromo Oxidasa I y un fragmento del gen ribosomal 12S.
El proceso no fue sin problemas. Tuvimos que concentrar el ADN usando la alícuota que se conservó en Blanes y realizar un segundo envío y la reamplificación de algunas muestras que fallaron. Finalmente conseguimos los deseados productos de amplificación. Con ese ADN preparamos librerías genómicas que fueron enviadas a secuenciar a la firma Novogene. Estamos usando una carrera de la nueva plataforma de secuenciación de alto rendimiento Illumina Novogene. Esperamos obtener 50 millones de secuencias de las muestras.
Las muestras acaban de ser enviadas a Novogene…. No podemos esperar a tener los resultados! Gracias a Jesús, Marta, Adrià y Owen por su trabajo duro con las muestras.
